Fray Pedro había desarrollado un conocimiento paternal y amoroso de Guale. Incluso en este caso, él sabía que hay ciertas verdades que no se pueden ignorar y por amor y deber, Fray Pedro corrigió al príncipe joven de Guale, Juanillo, por su poligamia (lo que significa tener más de una esposa). El Gobernador Menéndez y los Frailes Franciscanos confiaban y respetaban al padre de Juanillo, el jefe de los Guales, por consiguiente, ellos también confiaban a su hijo y heredero al trono, Juanillo.

Pero Juanillo estaba enfurecido con Fray Pedro por su amorosa corrección, y por lo tanto, la rebelión del Guale comenzó con el martirio de Fray Pedro. Los Guale, encabezados por Juanillo, mataron a Fray Pedro en la mañana del 14 de Septiembre de 1597 conforme se preparaba para la Misa en la Fiesta de la Exaltación de la Santa Cruz. El recién había terminado las Laudes (oración de la mañana) y estaba por irse a la capilla. Historias de aquel tiempo cuentan que el joven muy precavidamente se le arrimo y le encajo un palo hasta matarlo, cortándole la cabeza y vergonzosamente exponiéndola sobre un tronco. Juanillo empezaría una cadena de martirios alrededor de las misiones Franciscanas.